В коде работали профессионалы, не пытайтесь самостоятельно повторить этот трюк! Опасно!
Набор= РегистрыНакопления.ОстаткиТоваров.СоздатьНаборЗаписей();
Набор.Отбор.Регистратор.Значение = НашДокумент;
Набор.Прочитать();
Набор.Очистить();
Набор.Записать();
Получаем проведенный документ без движений по регистру.
Даже страшно подумать, что будет, если ошибиться в отборе.